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密码子优化工具
本密码子优化工具整理自Jcat网站,为了科研工作者使用方便，本网页特意翻译成中文界面，仅供科研和学习，不得用于商业。
 

密码子优化的意义:

不同物种细胞对编码同一个氨基酸使用的密码子的使用频率是不同的，这就是所谓的密码子偏爱性（codon preference，Condon bias, codon usage bias），而这种密码子偏好性对翻译过程有影响。密码子优化(Codon optimization)，是指在不改变蛋白质氨基酸的情况，主要利用偏爱密码子（Preferred codons，optimal codons )，避免利用率低的稀有密码子，对目的基因进行优化的过程；密码子优化之后基因与原始序列呈现散发性多处突变。由于不同的物种对密码子的偏爱程度不同，因此同一个基因在不同宿主中表达必须进行不同的优化。进行密码子优化主要是为了重组蛋白高效表达，主要是利好翻译过程。
进行密码子优化的过程不能仅仅盯着偏爱的密码子，还需兼顾：
1.密码子偏爱性；
2.mRNA二级结构，避免形成颈环发卡结构，特别是要避免与核糖体结合位点（RBS）处形成二级结构；
3.避免优化后的序列出现反式作用元件及某些限制性酶切位点；
4.平衡GC含量在40%-60%之间；
5.避免序列内部出现起始和终止序列元件（避免出现原核核糖体结合位点，避免出现非依赖Rho因子的终止子）；
6.同时考虑表达载体结构特点。

任何关于密码子优化问题，可以与我们联系。tech@friendbio.com QQ:657047932
密码子优化
1. 请将序列粘贴在以下文本框内：
请输入标准基因编码。如果编码不标准，请点击 这里转换!
2. 指定粘贴序列类型:
DNA/RNA碱基序列
蛋白质氨基酸序列
3. 序列优化将用于以下物种进行重组蛋白表达:
4.附加选项（需要兼顾考虑以下问题）:
避免出现非依赖Rho因子的终止子
避免出现原核核糖体结合位点.
避免出现以下非限制性酶切位点:
仅作部分优化用于定点突变。
 
     

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